Espèces

Pourquoi un référentiel ?

De nombreuses listes de référence existent déjà, selon les groupes taxonomiques et les différents territoires métropolitains ou ultramarins, souvent avec une expertise taxonomique et nomenclaturale variable. La mise en place du SINP et la nécessité de parler un langage commun impliquent d’utiliser un seul et même nom pour une espèce, qu’il s’agisse de l’hexagone, de la Martinique, de la Réunion ou de la Polynésie française. C’est pourquoi un référentiel national a dû être créé et est régulièrement consolidé : TAXREF.

Présentation du référentiel taxonomique TAXREF

TAXREF est le référentiel taxonomique national pour la faune, la flore et la fonge de France métropolitaine et d’outre-mer, élaboré et diffusé par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) dans le cadre de la mise en œuvre du SINP. Ce référentiel, unique pour la France, a pour but de lister et d’organiser les noms scientifiques de l’ensemble des êtres vivants recensés sur le territoire.

Les objectifs du référentiel taxonomique sont de :

  • donner un nom scientifique unique, non ambigu, pour chacune des espèces de France, qui soit consensuel aux niveaux national et international ;

  • permettre une interopérabilité entre les jeux et bases de données ;

  • gérer les évolutions taxonomiques et nomenclaturales dans les données concernant ces espèces (suivi et gestion de la synonymie et de la hiérarchie taxonomique).

TAXREF est une pièce essentielle du SINP, en permettant de communiquer tant au niveau des personnes (taxonomistes, gestionnaires de données naturalistes, gestionnaires d’espaces naturels, écologues, généticiens, muséologues, enseignants et législateurs) que des ordinateurs (bases de données interopérables) grâce à l’utilisation de normes communes et de références.

Périmètre du référentiel

Le référentiel TAXREF couvre :

  • l’ensemble (exhaustivité recherchée) des espèces sauvages (les taxons domestiques ou cultivés ne sont a priori pas traités, sauf exceptions) de plantes, d’animaux et de champignons de milieux continentaux et marins,

  • présents en France, c’est-à-dire présents sur le territoire métropolitain et les collectivités d’outre-mer (Guyane française, Martinique, Guadeloupe, Saint-Martin, Saint-Barthélemy, Saint-Pierre et Miquelon, Mayotte, Îles Éparses, Réunion, Terres Australes et Antarctiques Françaises, Nouvelle-Calédonie, Wallis et Futuna, Polynésie Française, Clipperton),

  • actuellement ou dans l’histoire naturelle proche (depuis le paléolithique).

Trois types de sources sont utilisés pour l’alimenter :

Seuls les noms disponibles au sens des codes de nomenclature zoologique (ICZN) et botanique (ICBN) entrent dans le cadre de TAXREF.

Structure du référentiel

Le référentiel se compose de quatre tables principales :

  • la table TAXREF qui constitue le référentiel sensu stricto (noms scientifiques) ;

  • la table TAXVERN qui gère les noms vernaculaires ;

  • la table CONTEXT qui référence les bases de données sources utilisées dans le cadre de TAXREF et fait le lien vers celles-ci ;

  • la table DOCS qui gère les références bibliographiques.

Les autres tables sont des tables explicatives (dictionnaires) ou des tables de correspondance.

Où le trouver ?

Le référentiel est consultable et téléchargeable (après inscription) sur le site internet de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN) coordonné par le MNHN. L’inscription est libre, gratuite et automatique. Une fois l’utilisateur identifié, il a accès à la version en cours (TAXREF v8.0, mise en ligne en décembre 2014) ainsi qu’à toutes les précédentes (sauf la version 1.0).

L’utilisateur a le choix entre :

  • le téléchargement du référentiel intégral, sous forme de fichier texte zippé ;

  • le téléchargement de parties du référentiel avec la possibilité de filtrer taxonomiquement (par embranchement, classe, ordre ou famille), géographiquement (métropole, par collectivités d’outre-mer) ou écologiquement (domaine marin ou continental).

Le fichier archive Zip comporte trois fichiers :

  • TAXREFv8.0.txt, le référentiel en lui-même ;

  • TAXREF_CHANGES.txt, tableau décrivant l’ensemble des modifications depuis la version précédente ;

  • TAXREF_LIENS.txt, tableau permettant un lien unique vers les bases de données sources disponible sur internet.

Pour en savoir plus, consultez :

Dernière mise à jour le 13/12/2017